Episkopát pražské diecéze měl jednu osobitost. Patriarchové v prvých desetiletích církve byli zároveň pražskými biskupy.
Prvním patriarchou - biskupem byl zvolen Dr. Karel Farský (až do usnesení II. řádného sněmu v roce 1946 byla služba patriarchy a pražského biskupa spojena). V pamětních knihách náboženských obcí lze číst o bezpočtu informativních přednášek a bohoslužeb, nejednou sloužených pod širým nebem, které Dr. Farský vykonal. Jeho charakteristická osobnost se projevovala v každém směru tehdy rodící se církve. Vypracoval jedinečné základy nové cesty za Kristem v nové církvi, pro kterou připravil i návrh Liturgie, Zpěvník, učebnice. Farský usilovně vysluhoval svátosti, sloužil bohoslužby, dohlížel na stavby sborů a neustále pracoval na článcích, zvěstoval Boží slovo (jeho Promluvy byly vydány např. ve sbírce Postily). Obrovské úsilí o budování církve a neustálé cesty ho vyčerpávaly. Ještě před propuknutím těžké nemoci cestoval v roce 1925 na ekumenickou konferenci do Stockholmu a krátce po té i do USA navštívit více než 15 sborů Církve československé. Těžké nemoci podlehl ve věku nedožitých 47 let 12. 6. 1927 v Praze.
Po smrti K. Farského byl zvolen patriarchou a pražským biskupem původně východočeský biskup Dr. Gustav Adolf Procházka (1928 - 1942). Úřadu se ujal 1. 3. 1928. Již tehdy měla CČSH 194 náboženské obce a z nich 171 volila br. Procházku. Značný díl těchto hlasů pocházel z pražské diecéze, jejíž součástí byla i současná diecéze v Plzni. Dr. Gustav Adolf Procházka byl dynamickou osobností s novinářským nadáním. Kromě pokračování v ekumenických snaženích se zasloužil o hospodářskou stabilitu církve. Nejen tím, že uhájil státní dotace na platy duchovních, ale podařilo se mu značně oddlužit sbory církve. Pražská diecéze si může přičíst k historickým vkladům, že byla první, která podpořila osobitý bohoslovecký směr K. Farského proti orientaci pravoslavné a že se výrazně podílela na pokračování 1. sněmu ve dnech 28. - 30. března 1931. Pražská diecéze tehdy jednoznačně podpořila první ucelené základy víry formulované prof. Kalousem a Spisarem s názvem Učení náboženství křesťanského pro věřící církve československé a plně podpořila i připravenou Ústavu církve československé. Církev se tak jasně profilovala bohoslovecky i právně.
Úmrtí Dr. Gustava Adolfa Procházky 9. února 1942, a to, že německé protektorátní úřady zakázaly volbu nového patriarchy a biskupa, způsobilo složité provizorium. Správcem diecéze se stal Jan Lomoz (v čase uprázdnění biskupské služby zastupuje biskupa dočasný správce diecéze), který zde působil do svého zatčení v roce 1944.
Jeho místo zaujal tehdejší správce církve slezský biskup Ferdinand Stibor (v čase uprázdnění patriarší služby zastupuje patriarchu dočasný správce církve. Pražská diecéze tak přijala nového správce biskupa Stibora.
Samostatní biskupové pražské diecéze
Biskup pražské diecéze Dr. Miroslav Novák (pražským biskupem v letech 1946 - 1962), který byl v roce 1961 zvolen patriarchou celé církve se ujal své služby v poválečném čase. Pražským biskupem byl zvolen ve svých 39 letech. Mnozí ho charakterizovali jako člověka s laskavým pohledem, který převyšoval své okolí mimořádnými jazykovými schopnostmi i společenským vystupováním. Byl po určitou dobu profesorem starozákonní vědy na Husově fakultě, a podle mnohých svědectví též vynikajícím znalcem staroegyptského jazyka. Jako mladý profesor náboženství se živě účastnil činnosti Společnosti dr. K. Farského a práce s mládeží.
Období biskupské služby Dr. Miroslava Nováka je ozdobeno mnohostrannou prezentací naší církve na mezinárodním fóru, budováním náboženských obcí v českém pohraničí, získáním vlastní budovy diecézní rady v Praze 6 - Bubenči i oddělením plzeňské diecéze od pražské.
Dr. Josef Kupka (biskupem v letech 1962 - 1982), druhý samostatný biskup pražské diecéze, zůstal v očích těch, kdo „pod ním sloužili", starostlivým otcem se vším všudy, někdy i s káráním, ale jeho starostlivost a píle byly příkladné. Přestože Kupkova biskupská služba nebyla tak zasažen perzekucemi, zatýkáním a povoláváním duchovních do Pomocných technických praporů (PTP), jako tomu bylo v padesátých letech, přece za jeho působení prošli mnozí z duchovenského sboru těžkým životním obdobím.
Třetí samostatný biskup pražské diecéze Mgr. Miroslav Durchánek (biskupem v letech 1982 - 1988) oplýval i uměleckým nadáním. Pro své literární schopnosti působil i na tiskovém odboru ústřední rady. Rád zpíval křesťanské songy a velmi dobře hrál na kytaru. Vždy udivoval vynikající znalostí Písma. Udržoval živé styky s německými teology a jejich pracovními skupinami. Ani on nebyl ušetřen problémům s ustanovováním duchovních a vybalancování těžkých životních rozhodnutí. Před rokem 1989 však takovým rozhodovacím procesům byli vystaveni všichni církevní představitelé, kteří zůstali v tehdejším Československu.
Od svého zvolení v září 1989, zastával až do 2. 10. 1999 biskupský úřad čtvrtý samostatný biskup Mgr. René Hradský (biskupem v letech 1989 - 1999), působící do té doby jako farář v Praze - Horních Počernicích. Byl znám svou prací s mládeží, kterou konal již v době totality. Působil otcovsky, káral i napomínal, ale snažil se též o podchycení nových duchovních vyrůstajících na Husitské teologické fakultě Karlovy univerzity. Společně se současným biskupem Tonzarem (tehdy odb. as. na HTF UK) také vedl seminář uvádějící začínající bohoslovce do studia teologie. Po ukončení svého episkopátu nastoupil do služby faráře v náboženské obci Benátky nad Jizerou.
V letech 1999 - 2007 byl pražským biskupem Mgr. Karel Bican (1999 - 2007), který spoluzaložil Církevní základní uměleckou školu Harmonie, stál u zrodu Husitského centra, o. p. s., Dětského domu v Dubenci a podporoval i vznik Mateřské i základní školy Archa v Petroupimi. Podporoval činnost církve v sociálních, kulturních i obecně prospěšných aktivitách. V roce 2007 abdikoval na svou funkci.
16. 2. 2008 byl šestým samostatným pražským biskupem zvolen Doc. ThDr. David Tonzar, Th. D. (2008 - dosud)
